B項目共通事項には、

「医師の指示によって、当該動作が制限されていることが明確である場合には、各選択肢の留意点を参考に評価する。この場合、医師の指示に係る記録があること。」

と記載されています。
医師の指示書をもとに評価をしますので、指示が変更になった場合は、変更後の内容が指示書から分かる必要があります。

ただし、院内で正式に承認・保管されているものであれば、クリニカルパスに記載されている指示は、医師の指示書と同様に評価の対象に含めることができます。クリニカルパスで指示変更が読み取れるのであれば、問題ないものと思われます。