必要度Ⅱの場合、A項目とC項目の全ての項目について、レセプト電算処理システム用コードを用いて評価をします。
ただし、お考えの通り、アセスメント共通事項では、「毎日評価を行うこと」とされています。
このため、翌月等にEFファイルが作成されてからの評価ではなく、例えば、処置等が実施された場合や薬剤等が使用された場合、コード一覧に該当する処置・薬剤等かどうかの判断は、日々行うべきものと考えられます。
そのためには、厚生労働省のホームページに掲載されているコード一覧をもとに、予め当該病棟では発生しないコード（使用しない薬剤等）を除外した一覧表を整理しておく等の工夫をすることが、効率的な対応であろうと思われます。

毎日の評価は、当該一覧表をもとにしますが、あくまで評価の判断基準は、コードの入力の有無ですので、翌月等にEFファイルが作成された後は、毎日の評価結果と齟齬がないことを確認する必要があります。