評価対象から除外する患者は評価票毎に定められています。
ご推察の通り、地域包括ケア病棟入院料を算定する場合、一般病棟用の評価票を使用しますので、当該評価票における定めに従います。

令和6年度改定において、一般病棟用の評価票からは、「短期滞在手術等基本料を算定する患者を対象にしない」という記載はなくなりました。
つまり、短期滞在手術等基本料を算定する患者は、評価の対象に含めることになります。